Dewan Nasional adalah organ FITRA yang menjalankan fungsi sebagai mitra dialog tetap Sekretaris Jenderal dalam melaksanakan mandat pengelolaan FITRA dan mengawasi pelaksanaan prosedur baku operasi, rencana strategis dan keputusan-keputusan lain organisasi. Dewan Nasional terdiri dari individu-individu yang dipilih dan disahkan dalam musyawarah nasional.
Anggota Dewan Nasional berjumlah 7 orang yang terdiri dari seorang ketua, seorang wakil ketua, seorang sekretaris, seorang wakil sekretaris dan anggota. Sekurang-kurangnya 2 (dua) anggota Dewan Nasional berasal dari Simpul Jaringan. Masa jabatan Dewan Nasional selama 3(tiga) tahun dan dapat dipilih kembali hanya untuk satu periode berikutnyaMasa jabatan Dewan Nasional selama 3(tiga) tahun dan dapat dipilih kembali hanya untuk satu periode berikutnya