FITRA telah membangun jaringan kerja di dalam negeri dan di luar negeri. Profil jaringan di dalam negeri terdiri dari:
- Simpul Jaringan,
- Jaringan Kerja Penelitian -Advokasi,
- Pengambil Kebijakan,
- Media dan
- Koalisi/Aliansi Strategis
Hubungan dengan pengambil kebijakan di tingkat nasional terjalin melalui kemitraan strategis terhadap Kementerian Perencanaan Pembangunan Nasional/Bappenas, Kementerian Dalam Negeri, DJPK Kementerian Keuangan, Kementerian Kesehatan, Unit Kerja Presiden Bidang Pengawasan dan Pengendalian Pembangunan (UKP4) dan Komisi Informasi Pusat. FITRA terlibat dalam penyusunan panduan konsultasi publik serta penyusunan strategi nasional pencegahan dan pemberantasan korupsi bersama Bappenas. Adapun rekomendasi hasil analisis maupun penelitian terkait dengan sistem anggaran daerah ditindaklanjuti menjadi Peraturan dan Surat Keputusan Mendagri. Sedangkan bersama UKP4, FITRA menjadi tim inti dalam mengimplementasikan komitmen global terkait Open Government Partnership (OGP) di Indonesia.
Koalisi atau aliansi strategis yang terbangun selama ini meliputi Koalisi Menolak PP 37, Kelompok Kerja Otonomi Daerah untuk agenda revisi UU 32 tahun 2004, Koalisi APBN Kesejahteraan Rakyat, Strategic Alliance for Poverty Alleviation (SAPA) dan Koalisi Masyarakat Sipil untuk Pemilu.
Dalam grafik 2 diatas menunjukkan hubungan jaringan bersama CSO di tingkat daerah baik melalui keanggotaan Sijar maupun jaringan penelitian-advokasi jauh lebih besar dibandingkan dengan jaringan kepada pengambil kebijakan dan media massa. Sedangkan jaringan kerja di luar negeri FITRA menjadi core team dari International Budget Partnership (IBP), ANSA dan Task Force on Financial Integrity and Economic Development.
Bersama IBP kerja-kerja yang dilakukan meliputi Open Budget Survey (OBS) di Indonesia yang merupakan bagian dari survey di 110 negara, Sub National Index di Indonesia, Brazil dan Afrika Selatan dengan mengembangkan instrumen LBI secara generik, Annual Partnership Initiative Meeting dan Social Audit Exchange.