Desentralisasi menghasilkan tantangan baru bagi pengelolaan sumber daya alam dan linkungan di daerah. Desentralisasi menhasilkan kapasitas pemimpin daerah yang beragam dengan segala bentuk kepentinganganya dalam mengelola sumber daya alamdan manusia di dalamnya. Bank Dunia bahkan menilai bahwa tangtangan yang di hadapi di era desentralisasi adalah kapasitas yang beragam dan Visi lembaga di daerah,pemberian insentif yang tepat, minimnya standar dan penegakan serta asistensi oleh pemerintah pusat.